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asdfghjkl12345銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)中的hypothetical protein怎么處理 已有3人參與
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| 請教大家，植物的轉(zhuǎn)錄組測序，所得數(shù)據(jù)注釋中出現(xiàn)大量的“hypothetical protein”，該類數(shù)據(jù)怎么使用、處理？ |
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2樓2019-11-18 13:40:57
3樓2020-08-31 20:01:39
【答案】應(yīng)助回帖
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被標(biāo)注為“hypothetical protein”的基因，有ORF，但是沒有功能注釋，因?yàn)闆]有功能注釋，下游的差異表達(dá)基因，GO/KEGG富集分析跟這些基因就沒有關(guān)系了。 我的經(jīng)驗(yàn)，編碼蛋白基因能有50%-60%能注釋到功能就不錯(cuò)了，也就意味著大概有1/3的編碼蛋白基因被標(biāo)注為hypothetical protein，這些基因一般就放棄了。 功能注釋大多根據(jù)序列相似性原理，還可以通過其他方法注釋這些hypothetical protein。如果測序樣本數(shù)大于10，可以通過基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)注釋基因。有了功能注釋之后，就可以進(jìn)行下一步分析了。 如何通過基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)注釋基因，可以私聊我哈 |
4樓2020-09-08 17:49:56
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