 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 11 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 8394 | 回復(fù): 10 | |||
| 【獎勵】 本帖被評價7次，作者a13515517892增加金幣 5.6 個 | |||
[資源]
蛋白表達(dá)之密碼子分析（稀有密碼子）
|
|||
|
蛋白表達(dá)之密碼子分析 在蛋白表達(dá)研究中，一般都會看重選擇合適的表達(dá)載體、標(biāo)簽和宿主系統(tǒng)，而往往忽視基因序列本身是否與目標(biāo)載體和宿主系統(tǒng)為最佳適配這樣一個實(shí)質(zhì)性問題�；虻淖顑�(yōu)表達(dá)可以通過對基因的重新優(yōu)化和合成來實(shí)現(xiàn)，如替換掉稀有密碼子而利用最優(yōu)密碼子，RNA二級結(jié)構(gòu)最優(yōu)，調(diào)整GC含量，避免部分限制性酶切位點(diǎn)，避免一些復(fù)雜結(jié)構(gòu)（發(fā)卡、重復(fù)結(jié)構(gòu)）刪除一些元件等。以下就這些問題加以說明。 密碼子偏好與基因表達(dá) 在蛋白質(zhì)組中各種基因的表達(dá)水平與密碼子偏好性（codon bias)（部分文獻(xiàn)稱為“偏倚”或“偏愛”）存在著某種關(guān)系：含有不常使用的密碼子（后面簡稱：稀有密碼子）的基因傾向于較低水平的表達(dá)，無論根據(jù)mRNA 表達(dá)或蛋白質(zhì)水平的分析都是如此。到目前為止，世界上有很多的學(xué)者科學(xué)家對生物密碼子表的利用情況統(tǒng)計(jì)并開發(fā)了在線的密碼子處理系統(tǒng)，例如http://www.kazusa.or.jp/codon/ 該系統(tǒng)中密碼子頻率庫容量都是幾千個CDS序列統(tǒng)計(jì)得到的，極少數(shù)比較稀有的宿主系統(tǒng)CDS序列由于比較少統(tǒng)計(jì)的不是很全面。通過密碼子適應(yīng)指數(shù)（或稱為密碼子偏倚值）CAI（codon adaptation index）來判定密碼子是否最優(yōu)。當(dāng)基因的密碼子偏倚值為0.25或更低時（如大多數(shù)基因），mRNA水平與蛋白質(zhì)水平的相關(guān)性很差。對大多數(shù)高表達(dá)的基因(密碼子偏倚值>0.5的基因），mRNA水平與蛋白質(zhì)水平的相關(guān)性要高很多。很多公司開發(fā)的在線密碼子優(yōu)化系統(tǒng)，通過該優(yōu)化系統(tǒng)進(jìn)行密碼子使用情況分析以及優(yōu)化。 稀有密碼子是怎么導(dǎo)致蛋白的低水平表達(dá)的。 密碼子偏好性表 第二位堿基 U C A G 人類 第一位堿基 UUU (17.6) UCU (15.2) UAU (12.2) UGU (10.6) UUC (20.3) UCC (17.7) UAC (15.3) UGC (12.6) UUA (7.7) UCA (12.2) UAA (1.0) UGA (1.6) UUG (12.9) UCG (4.4) UAG (0.8) UGG (13.2) 第一位堿基 CUU (13.2) CCU (17.5) CAU (10.9) CGU (4.5) CUC (19.6) CCC (19.8) CAC (15.1) CGC (10.4) CUA (7.2) CCA (16.9) CAA (12.3) CGA (6.2) CUG (39.6) CCG (6.9) CAG (34.2) CGG (11.4) 第一位堿基 AUU (16.0) ACU (13.1) AAU (17.0) AGU (12.1) AUC (20.8) ACC (18.9) AAC (19.1) AGC (19.5) AUA (7.5) ACA (15.1) AAA (24.4) AGA (12.2) AUG (22.0) ACG (6.1) AAG (31.9) AGG (12.0) 第一位堿基 GUU (11.0) GCU (18.4) GAU (21.8) GGU (10.8) GUC (14.5) GCC (27.7) GAC (25.1) GGC (22.2) GUA (7.1) GCA (15.8) GAA (29.0) GGA (16.5) GUG (28.1) GCG (7.4) GAG (39.6) GGG (16.5) 小鼠 第一位堿基 UUU (17.2) UCU (16.2) UAU (12.2) UGU (11.4) UUC (21.8) UCC (18.1) UAC (16.1) UGC (12.3) UUA (6.7) UCA (11.8) UAA (1.0) UGA (1.6) UUG (13.4) UCG (4.2) UAG (0.8) UGG (12.5) 第一位堿基 CUU (13.4) CCU (18.4) CAU (10.6) CGU (4.7) CUC (20.2) CCC (18.2) CAC (15.3) CGC (9.4) CUA (8.1) CCA (17.3) CAA (12.0) CGA (6.6) CUG (39.5) CCG (6.2) CAG (34.1) CGG (10.2) 第一位堿基 AUU (15.4) ACU (13.7) AAU (15.6) AGU (12.7) AUC (22.5) ACC (19.0) AAC (20.3) AGC (19.7) AUA (7.4) ACA (16.0) AAA (21.9) AGA (12.1) AUG (22.8) ACG (5.6) AAG (33.6) AGG (12.2) 第一位堿基 GUU (10.7) GCU (20.0) GAU (21.0) GGU (11.4) GUC (15.4) GCC (26.0) GAC (26.0) GGC (21.2) GUA (7.4) GCA (15.8) GAA (27.0) GGA (16.8) GUG (28.4) GCG (6.4) GAG (39.4) GGG (15.2) 家蠶 第一位堿基 UUU (15.3) UCU (12.7) UAU (13.9) UGU (8.7) UUC (24.0) UCC (12.0) UAC (22.0) UGC (11.3) UUA (13.1) UCA (13.0) UAA (1.4) UGA (0.6) UUG (15.8) UCG (11.0) UAG (0.6) UGG (11.7) 第一位堿基 CUU (11.5) CCU (14.0) CAU (10.3) CGU (9.8) CUC (14.6) CCC (11.7) CAC (13.8) CGC (10.5) CUA (8.8) CCA (13.6) CAA (18.7) CGA (7.0) CUG (18.4) CCG (13.0) CAG (17.4) CGG (5.4) 第一位堿基 AUU (18.6) ACU (15.6) AAU (20.5) AGU (10.3) AUC (20.7) ACC (14.2) AAC (24.9) AGC (12.5) AUA (15.9) ACA (15.9) AAA (34.0) AGA (14.1) AUG (23.4) ACG (11.9) AAG (28.4) AGG (8.9) 第一位堿基 GUU (16.8) GCU (25.3) GAU (25.6) GGU (21.7) GUC (16.7) GCC (19.7) GAC (28.8) GGC (18.8) GUA (12.4) GCA (14.6) GAA (36.0) GGA (21.4) GUG (19.4) GCG (13.5) GAG (26.2) GGG (7.7) 酵母 第一位堿基 UUU (26.1) UCU (23.5) UAU (18.8) UGU (8.1) UUC (18.4) UCC (14.2) UAC (14.8) UGC (4.8) UUA (26.2) UCA (18.7) UAA (1.1) UGA (0.7) UUG (27.2) UCG (8.6) UAG (0.5) UGG (10.4) 第一位堿基 CUU (12.3) CCU (13.5) CAU (13.6) CGU (6.4) CUC (5.4) CCC (6.8) CAC (7.8) CGC (2.6) CUA (13.4) CCA (18.3) CAA (27.3) CGA (3.0) CUG (10.5) CCG (5.3) CAG (12.1) CGG (1.7) 第一位堿基 AUU (30.1) ACU (20.3) AAU (35.7) AGU (14.2) AUC (17.2) ACC (12.7) AAC (24.8) AGC (9.8) AUA (17.8) ACA (17.8) AAA (41.9) AGA (21.3) AUG (20.9) ACG (8.0) AAG (30.8) AGG (9.2) 第一位堿基 GUU (22.1) GCU (21.2) GAU (37.6) GGU (23.9) GUC (11.8) GCC (12.6) GAC (20.2) GGC (9.8) GUA (11.8) GCA (16.2) GAA (45.6) GGA (10.9) GUG (10.8) GCG (6.2) GAG (19.2) GGG (6.0) 大腸桿菌 第一位堿基 UUU (24.4) UCU (13.1) UAU (21.6) UGU (5.9) UUC (13.9) UCC (9.7) UAC (11.7) UGC (5.5) UUA (17.4) UCA (13.1) UAA (2.0) UGA (1.1) UUG (12.9) UCG (8.2) UAG (0.3) UGG (13.4) 第一位堿基 CUU (14.5) CCU (9.5) CAU (12.4) CGU (15.9) CUC (9.5) CCC (6.2) CAC (7.3) CGC (14.0) CUA (5.6) CCA (9.1) CAA (14.4) CGA (4.8) CUG (37.4) CCG (14.5) CAG (26.7) CGG (7.9) 第一位堿基 AUU (29.6) ACU (13.1) AAU (29.3) AGU (13.2) AUC (19.4) ACC (18.9) AAC (20.3) AGC (14.3) AUA (13.3) ACA (15.1) AAA (37.2) AGA (7.1) AUG (23.7) ACG (13.6) AAG (15.3) AGG (4.0) 第一位堿基 GUU (21.6) GCU (18.9) GAU (33.7) GGU (23.7) GUC (13.1) GCC (21.6) GAC (17.9) GGC (20.6) GUA (13.1) GCA (23.0) GAA (35.1) GGA (13.6) GUG (19.9) GCG (21.1) GAG (19.4) GGG (12.3) |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 蛋白表達(dá)之密碼子分析.docx
2019-09-12 10:59:50, 92 K
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
chuangjiaqin» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有274人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
6樓2019-10-30 16:12:21
8樓2020-06-04 14:03:33
簡單回復(fù)
jinhx872樓
2019-09-12 12:22
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
alarace3樓
2019-09-13 09:50
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
2019-10-19 09:43
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
2019-10-30 16:11
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
病毒疫苗7樓
2019-12-09 16:59
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
2020-06-04 14:03
回復(fù)
頂一下，感謝分享！
jiezai10樓
2020-07-11 15:35
回復(fù)
五星好評 頂一下，感謝分享！
吃肉真香11樓
2022-06-29 22:48
回復(fù)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 a13515517892 的主題更新
| 11 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 274求調(diào)劑0856材料化工 +5 | z2839474511 2026-03-11 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +3 | 生如夏花… 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
[考研] 0703求調(diào)劑 +4 | jtyq001 2026-03-10 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化工0817調(diào)劑 +8 | 燦若星晨 2026-03-10 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 295 求調(diào)劑 +9 | dream…… 2026-03-10 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工，一志愿廣州985，求調(diào)劑 +15 | qqyyaill 2026-03-05 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 家人們 調(diào)劑不迷路 看這里 +8 | likeihood 2026-03-09 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 310 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 撲風(fēng)鈴的貓 2026-03-08 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +5 | Trying] 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +11 | 朝天椒的雙馬尾 2026-03-05 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 269求調(diào)劑 +3 | 朔朔話 2026-03-08 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請] 進(jìn)入個人成果庫好難，一下午都沒進(jìn)去 +6 | mi_dilee 2026-03-05 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 化學(xué)工程與技術(shù)316求調(diào)劑
+7
|
Sixuan wang 2026-03-06 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)312分求調(diào)劑 +7 | T123 tt 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 322分 085600求調(diào)劑，有互聯(lián)網(wǎng)+國金及主持省級大創(chuàng)經(jīng)歷 +4 | 熊境喆 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)290求調(diào)劑 +3 | 兩顆 西柚 2026-03-07 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
085600材料與化工 292分 求調(diào)劑
+6
|
程晴之 2026-03-06 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +3 | 林小星發(fā)大財 2026-03-05 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 +4 | berdmond 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286 +6 | ksncj 2026-03-04 | 6/300 |
|