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supergrape金蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于使用自殺質(zhì)粒pK18SacB進(jìn)行敲除受體菌基因組上的相關(guān)片段 已有2人參與
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| RT,我在前期將pK18SacB進(jìn)行改造,把卡那霉素基因替換為氯霉素(受體菌帶有卡那霉素抗性),左右同源臂的長(zhǎng)度大小是在500bp左右,構(gòu)建好的自殺載體pK18SacB是利用大腸桿菌S17進(jìn)行接合轉(zhuǎn)移,將濾膜上的菌體洗脫后涂到含有卡那霉素和氯霉素的培養(yǎng)基上。雙抗板上確實(shí)長(zhǎng)出疑似單交換的菌株(受體菌是假單胞菌,菌落形態(tài)與大腸桿菌不一樣,很容易分辨),同時(shí)涂到雙抗板上的受體菌沒有長(zhǎng)。問題是,當(dāng)我用左同源臂的上游引物+右同源臂的下游引物進(jìn)行菌落PCR驗(yàn)證,結(jié)果只有一左同源臂+右同源臂的目的條帶,沒有左同源臂+敲除片段+右同源臂的目的條帶(PCR延伸時(shí)間是按照左同源臂+敲除片段+右同源臂的長(zhǎng)度進(jìn)行設(shè)置的)。隨后,我設(shè)計(jì)了基因組上左同源臂的上游引物+自殺質(zhì)粒中右同源臂下游引物進(jìn)行pcr,結(jié)果沒有相關(guān)目的條帶(PCR延伸時(shí)間是按照左同源臂+敲除片段+右同源臂+300 bp的長(zhǎng)度進(jìn)行設(shè)置的)。懇請(qǐng)大佬解釋一下,雙抗板上的菌株是單交換的菌株嗎? |
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我的理解就是單交換篩選出來的菌里面,質(zhì)粒和細(xì)菌共用一段核酸(左右同源臂),這個(gè)時(shí)候陽(yáng)性首先得是我們的目的菌株,其次還要有質(zhì)粒,所以要加雙抗。(滿足這種條件的除了發(fā)生同源重組的,還有質(zhì)粒轉(zhuǎn)進(jìn)細(xì)菌的可能,這種情況下就要重新做結(jié)合轉(zhuǎn)移了)。雙交換的時(shí)候,蔗糖使質(zhì)粒停止復(fù)制,所以最終得到的只有我們的目的菌株。 培養(yǎng)含有質(zhì)粒的大腸都會(huì)加相應(yīng)的抗生素,是一樣的道理。 |
| 左同源臂的上游引物+右同源臂的下游引物 PCR 產(chǎn)物送測(cè)序,如果是你設(shè)計(jì)的同源臂,那應(yīng)該是成功的 |
金蟲 (小有名氣)
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